يؤمن صندوق المئوية بمبدأ الشراكة مع مختلف الجهات، حيث تعد الشراكة علاقة استراتيجية طويلة الأمد بين الصندوق وأي جهة أخرى تلتقي في أهدافها مع الصندوق. وتتضمن الشراكة استفادة الصندوق من مختلف إمكانات الشريك (غير المالية) التي يستطيع توفيرها، من ذلك على سبيل المثال: التجهيزات، والتسهيلات، والتدريب، وتبادل المعلومات، وإجراء الدراسات المشتركة، وتبادل الخبرات، والدخول في مبادرات مشتركة تدعم مجال المشاريع الصغيرة.
إن شراكات الصندوق استطاعت أن تدعم مسيرته وتسهم في نجاحه، كما استطاع الصندوق من خلال هذه الشراكات أن يمنح جميع شركائه مزايا عدة، من أبرزها مساعدتهم لدعم شباب الأعمال، والإسهام في دعم الاقتصاد المحلي، ومساعدتهم للقيام بمسؤوليتهم الاجتماعية، ومنحهم الفرصة للمشاركة في التقليل من نسبة البطالة، ومنح الدعم لشباب الأعمال الذين يرشحونهم. إن قدرة الصندوق على العطاء تنمو مع كل شراكة جديدة، ويأتي ذلك ضمن سياسته لتنمية قدراته على دعم شباب الأعمال، وإحداث توازن فاعل في شراكاته ليتحقق لها الاستمرار.
وتعتمد شراكات الصندوق على مبدأ تبادل المصالح، فشركاء الصندوق يفخرون بدعمهم لمشروع وطني غير ربحي، والصندوق يفخر بدعمهم من خلال برامجه وتواجده بمختلف مناطق المملكة. ويتطلع الصندوق من خلال هذه الشراكات إلى تأكيد معنى خدمة المجتمع، ودعم شباب الأعمال، ودعم الاقتصاد المحلي من خلال الآلاف من المشاريع الصغيرة.