بدأت فكرة إنشاء صندوق المئوية في عام 1419 ه وذلك خلال فترة احتفال المملكة بمرور مئة عام على تأسيسها على يد المؤسس الملك عبد العزيز طيب الله ثراه ،إذ برز في تلك الفترة احتياج إلى برامج تدعم الشباب والشابات لتقليل نسبة البطالة وتنمية الاقتصاد المحلي ، ومن ذلك الوقت بدئت لجنة متخصصة بدراسة الفكرة من خلال الاطلاع على برامج منفذة على مستوى العالم وقد وقع الاختيار على فكرة انبثقت في بداياتها من بريطانيا وعممت في حوالي ربعين دولة على مستوى العالم وأثبتت نجاحها في جميع تلك الدول وهي برنامج دعم مشاريع الشباب Youth Business International  أو ما يعرف إختصاراً بـ  YBI

وقد صدرت الموافقة على إنشاء مؤسسة  خيرية تحمل ذات الهدف وذلك بمسمى صندوق المئوية بمرسوم ملكي رقم  أ/190 في تاريخ 20 جمادى الأولى من العام 1425ه ، وقد تم الاستعانة في البرنامج التجريبي لصندوق المئوية بالنماذج المستخدمة في البرنامج البريطاني وأساليب العمل  وترجمتها بعد تكييفها لتناسب احتياجات المجتمع السعودي