يتولى مجلس الإدارة إدارة أعمال الصندوق بما يحقق بلوغ أهدافه في حدود نظامه ولوائحه، ويقرر القواعد والإجراءات اللازمة لحسن سير العمل في الصندوق و له على وجه الخصوص ما يلي:
• الإشراف على تنفيذ قرارات مجلس الأمناء.
• اقتراح لوائح الصندوق المالية والإدارية ورفعها إلى مجلس الأمناء لإقرارها.
• إعداد خطط أعمال الصندوق وبرامجه ونشاطاته، والإشراف على تنفيذها ومتابعتها.
• توصية مجلس الأمناء بإنشاء فروع أو مكاتب للصندوق، وتحديد صلاحيات كل فرع أو مكتب.
• اقتراح الميزانية السنوية ورفعها إلى مجلس الأمناء لإقرارها.
• اقتراح خطط استثمار أموال الصندوق في مجالات شرعية مأمونة، والإشراف المباشر عليها.
• إعداد التقرير السنوي عن أعمال الصندوق وحسابه الختامي، وذلك خلال تسعين يوماً من بداية السنة المالية التالية.
• تحديد المصارف التي تودع فيها أموال الصندوق.
• قبول الهبات والتبرعات والوصايا.
• الإشراف على استيفاء ما للصندوق من حقوق وتأدية ما عليه من التزامات.
أعضاء المجلس الحالي هم:
1. معالي الأستاذ عمرو بن عبدالله الدباغ / رئيس مجلس الإدارة
2. الأستاذ خالد بن حسن القحطاني/ نائب الرئيس
3. الأستاذ كمال بن عبدالله باحمدان
4. الدكتور عبدالعزيز بن عبداللطيف جزار
5. الأستاذ احمد بن محمد السري
6. الأستاذ فهد القصيبي
7. الأستاذ طه بن عبدالله القويز