مجلس الأمناء هو السلطة العليا في الصندوق، وهو الذي يرسم السياسة العامة له ويشرف على تنفيذها، وله على وجه الخصوص ما يلي:
1. إصدار لوائح الصندوق المالية والإدارية.
2. إقرار خطط تنمية موارد الصندوق واستثمار أمواله.
3. إنشاء فروع أو مكاتب للصندوق.
4. تعيين مدير عام الصندوق.
5. تعيين مراقب حسابات للصندوق وتحديد أتعابه.
6. إقرار الحساب الختامي للصندوق وتقرير مراقب الحسابات.
7. النظر في التقرير السنوي للصندوق ونشاطه خلال السنة المالية المنتهية.
8. اعتماد الميزانية العمومية السنوية وحساب الإيرادات والمصروفات وأي قائمة أخرى تخص الوضع المالي للصندوق.
9. الاقتراض عند الاقتضاء، أو رهن ممتلكات الصندوق أو بيعها أو التصرف فيها، لخدمة أهداف الصندوق.
10. تعديل النظام الأساسي للصندوق، وذلك وفقاً لأحكام المادة الثامنة عشرة
11. حل الصندوق، أو دمجه مع غيره، وذلك وفقاً لأحكام المادة التاسعة عشرة.
أعضاء المجلس الحالي:
• صاحب السمو الملكي الأمير عبدالعزيز بن عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود /رئيس مجلس الأمناء
• معالي الأستاذ عمرو بن عبدالله الدباغ/ نائب الرئيس
• الدكتور محمد بن سليمان الجاسر
• الدكتور احمد بن محمد على
• الأستاذ عبدالله بن سالم باحمدان
• الأستاذ خالد بن ابراهيم الجفالي
• الأستاذ عبدالله بن محمد الحقيل
• الأستاذ عبدالله بن سليمان الراجحي
• الأستاذ سليمان العبدالرحمن السحيمي
• الأستاذ ابراهيم بن عبدالعزيز الطوق
• الأستاذ عيسى بن محمد العيسى
• الأستاذ محمد بن عبدالرحمن العقيل
• الأستاذ خالد بن محمد الفايز
• الأستاذ خالد بن حسن عبدالكريم القحطاني
• الأستاذ عبدالله بن صالح كامل
• الأستاذ خالد كانو
• الأستاذ سليمان بن عبدالقادر المهيدب
• الأستاذ عادل فقيه